Pelat mikro dirancang dengan cermat untuk memenuhi persyaratan berbagai eksperimen. Pertama, sumur biasanya berbentuk lingkaran atau persegi. Sumur berbentuk lingkaran menawarkan keuntungan berupa distribusi cairan yang lebih seragam, sehingga meminimalkan efek tepi, sedangkan sumur persegi memungkinkan penggunaan ruang yang lebih efisien dan kepadatan sumur yang lebih tinggi. Kedua, dasar sumur hadir dalam berbagai desain, dengan dasar datar, bulat, dan berbentuk U yang paling umum.

Pelat mikro dengan dasar datar cocok untuk pengukuran optik seperti deteksi serapan dan fluoresensi karena menyediakan permukaan yang rata untuk analisis. Pelat mikro dengan dasar bulat ideal untuk kultur sel dan uji sedimentasi, memungkinkan sel berkumpul di dasar sumur. Pelat mikro U-bottom sering digunakan untuk pengujian aglutinasi sel dan prosedur lain yang memerlukan pelet sel. Selain itu, tepi pelat mikro sering kali memiliki area yang menonjol atau tersembunyi untuk memudahkan penanganan dan penempatan selama prosedur eksperimental.